为适应航空、航天、民航、信息等工程技术领域飞速发展的需要，彰显学校“三航”办学特色，高质量实施国家、江苏省“卓越工程师教育培养计划”， 学校决定成立卓越学院。卓越学院将按照《南京航空航天大学关于“卓越学院”建设和管理的意见》（见附件），建设工程教育改革的示范区、优秀工程师培养的摇篮，打造工程实践能力和创新能力培养教育品牌，培养和输送大批视野宽广、基础扎实、能力突出、勇于开拓的卓越工程师。
设立卓越学院院务委员会。院务委员会是卓越学院的管理机构，其职能是：贯彻落实“卓越计划”的有关政策、方针，制定卓越学院建设发展计划、制度规范和建设措施，推进管理机制改革。实行定期会商和专项研讨相结合的工作机制，统筹计划、组织协调、检查落实、研究决定、总结交流“卓越计划”实施的重要事项和重点工作，实现多部门的整体协同和学院间的紧密合作，推动“卓越计划”的有效实施。负责行业教师的聘任和考核，协调卓越学院其它组织机构的工作，提供组织保障和经费支持。
设立工程教育教学委员会。工程教育教学委员会是卓越学院的学术机构，负责研究、指导卓越学院的教育教学工作，其职责是：审定各“卓越计划”专业的培养方案和建设要求，建设工程训练体系，开设工程通识教育课程，加强工程专业教育，实施工程训练计划，落实工程实习实践任务，建立工程能力资格认证体系，建设校内工程实习实践平台，完善工程训练中心设施建设，研究提出 “卓越计划”实施过程中重要问题的解决方案和意见建议。
设立校企合作指导委员会。校企合作指导委员会是卓越学院的专门机构，其职能是：推进企业实习、联合培养、合作开发等机制建设，研究企业课程设置与工程实践的开展，指导实习实践基地、企业工作站、工程合作研发平台的建设，促进校企强强联合、优势互补、深度合作。建立工程类课程授课标准，监督工程人才培养过程，提出指导意见。推进高水平工程教育师资队伍的建设，为实施教师在企业挂职培训、行业教师和工程专家为学生授课，发挥桥梁与纽带作用。
建立卓越学院学生联盟。卓越学院学生联盟是卓越学院的学生组织，简称卓越联盟，主要任务是：通过自主管理、自我服务，在工程训练、工程实习、工程实践教育中发挥动员、协助作用。制定年度工作计划，组织实施学术报告、学术交流活动，举办工程实习实践双向选择会；加强与指导教师、行业教师、社会企事业单位、校内工程训练中心和实验中心的联系，拓展工程教育和工程实践资源。
